Các định mức, đơn giá vật tư đặc thù quá cao, tổng mức đầu tư thay đổi nhiều lần, giải ngân chậm, dẫn đến đội giá hàng ngàn tỷ ??ồng mỗi dự án. C?? th??, Bộ GTVT có 42 dự án thì có đến 27 dự án (65% số dự án) đội vốn tăng thêm 122.350 tỷ ??ồng và 97 triệu USD.

Điển hình như dự án nâng cao an toàn cầu đường sắt trên tuyến Hà Nội - TPHCM điều ch??nh vốn đến 3 lần, tăng hơn 6.800 tỷ ??ồng (bằng 275%) so với ban đầu; dự án kết nối khu vực trung tâm Đồng bằng sông Mê Công điều ch??nh tăng 3.000 tỷ ??ồng; dự án Thủy điện Huội Quảng đội vốn gần 5.800 tỷ ??ồng; dự án xây dựng tuyến đường sắt đô thị số 1 TPHCM (tuyến Bến Thành - Suối Tiên) điều ch??nh tăng gần 30.000 tỷ ??ồng (bằng 172%); dự án đường sắt đô thị Cát Linh - Hà Đông tự điều ch??nh tăng hơn 200% từ 8.770 tỷ ??ồng lên 18.000 tỷ ??ồng…

Nguyên nhân chi phí tăng là do các dự án ODA sử dụng tư vấn quốc tế với chi phí cao gấp 7 - 10 lần so với trong nước (lương của chuyên gia tư vấn thiết kế nước ngoài từ 20.000 - 25.000USD/tháng, trong khi chuyên gia trong nước chỉ 2.000USD/tháng). Quy định thanh toán bằng ??ồng ngoại tệ cũng làm chi phí tăng khi biến động tỷ giá. Kiểm toán Nhà nước còn nhận xét, các dự án ODA đàm phán nhiều điều khoản bất lợi trong hợp ??ồng, chỉ có lợi cho nhà thầu hoặc phải chỉ định nhà thầu nước ngoài, hoặc buộc sử dụng hàng hóa dịch vụ có nguồn gốc từ quốc gia cho vay vốn ODA.